Si queremos que estas librerias se empaqueten también y generar un solo jar, solo se debe agregar el siguiente código al final del archivo build.xml antes del tag de cierre "</project>":
<target name="package-for-store" depends="jar">
<!-- Cambien el valor de esta propiedad para dar el nombre al JAR,
sin la extensión .jar. No debe tener espacios.
<property name="store.jar.name" value="NombreDelJar"/>
-->
<property name="store.jar.name" value="NombreDelJar"/>
<!-- No editar nada después de esta línea -->
<property name="store.dir" value="store"/>
<property name="store.jar" value="${store.dir}/${store.jar.name}.jar"/>
<echo message="Packaging ${application.title} into a single JAR at ${store.jar}"/>
<delete dir="${store.dir}"/>
<mkdir dir="${store.dir}"/>
<jar destfile="${store.dir}/temp_final.jar" filesetmanifest="skip">
<zipgroupfileset dir="dist" includes="*.jar"/>
<zipgroupfileset dir="dist/lib" includes="*.jar"/>
<manifest>
<attribute name="Main-Class" value="${main.class}"/>
</manifest>
</jar>
<zip destfile="${store.jar}">
<zipfileset src="${store.dir}/temp_final.jar"
excludes="META-INF/*.SF, META-INF/*.DSA, META-INF/*.RSA"/>
</zip>
<delete file="${store.dir}/temp_final.jar"/>
</target>
Después de esto, le damos Clean and Build, al proyecto y seguidamente, en el tab de Files, en NetBeans, le damos clic derecho al build.xml, y le damos clic a Run Target -> Other Targets -> package_for_store.
Una vez termine de empaquetar tendremos el jar deseado, en la carpeta "store" dentro de la carpeta del proyecto.